负责马英九国际事务的幕僚苏起15日上午对媒体表示，他并不清楚马英九的日本行安排进度，判断马访日的困难度很高，希望不大。马英九本人也持保守态度，他表示是向各方，包括大陆在内释出善意，能去美国、日本就去，不能去也没关系，目的只在让“友邦”知道马萧释出善意与诚意。

马英九在当选后，旋即释出有意在就任前出访美日，但两者交涉并不顺畅。出访美国之事迄无下文，而出访日本是否能如预期亦有变量。

马英九14日公开表示有意访日，他比喻“我们的球已丢出去，丢在别人的院子里”，但日本外务省发言人谷口智彦15日在记者会上表示，日本政府尚未接到马英九方面的任何正式通知，对于日本是否接受马英九访日之事不予置评。

针对马英九访日问题，外务省外务副报导官谷口智彦15日在针对外国媒体的记者会上表示，“日本政府尚未接到马英九方面的任何正式通知”。

谷口进一步解释说：“日本政府虽然对台湾人民提供免签入境优惠，但是并不表示日本承诺可以无条件接受所有台湾民众以免签方式入境，日本是个主权国家，会在可自行考虑的范围内决定是否接受入境。”由于马英九身份特殊，日本政府谨慎考虑马英九访日之事。